Los enemigos de los Señores son numerosos. Los más recientes en actuar han sido los Caballeros del escudo que en sus intentos por socavar el poder de los Señores lograron infiltrarse de forma eficaz en sus rangos. Al final el intento fue descubierto a tiempo y desde entonces la seguridad de los Señores ha sido mejorada y su número, de forma secreta, aumentado.
Por otro lado grupos como los Magos Rojos conspiran desde las sombras de su Enclave comercial con el fin de lograr algún día controlar la ciudad de Aguas Profundas.
La influencia de Aguas Profundas sobre el mar hace que la ciudad de Luskan la vea como un problema a sus deseos de expansión y de control sobre las rutas comerciales. La intervención de Aguas Profundas respecto a la invasión de Luskan de Ruathym solo hizo que agravar esta desconfianza.
La Sociedad del Kraken cuenta con una célula en la ciudad y ejerce una vigilancia sobre la ciudad pues consideran que son un grave peligro para las intenciones de Slarkrethel e ejercer un control sobre los mares.
Otro de los grupos interesados en socavar el poder de la ciudad son los Zhentarim que como se ha demostrado en recientes intentos, sobretodo entorno al Bastión del Espino, confían en lograr alguna posición segura desde la que empezar a influir dentro de Aguas Profundas.
Uno de los grupos que son considerados un aliado de la ciudad son los Arpistas, pues sus actividades han ayudado a la ciudad en diversas ocasiones, el hecho de que los Lunastros tengan la sede central y a Khelben como líder hace pensar que quizá las actividades de los Arpistas dentro de la ciudad disminuyan.
Los Uncen son un grupo de ladrones, ilusionistas y doppelgangers que intentan influir sobre la ciudad de Aguas Profundas. Formados en inicio como un druuth (un grupo de doppelgangers bajo un azotamentes) la muerte del cerebro anciano de Ch'Chilt hizo que los doppelgangers quedarán libres para actuar por su cuenta. De momento parece que gran parte de sus actividades han acabado en fracaso.
Aprovechando el ataque que sufrió la ciudad en el año 1369 CV por parte de Iakhovas fue aprovechado por unos aboleths para establecerse en la ciudad e intentar averiguar si es cierta la leyenda que dice que n el Río Sargauth se encuentra durmiendo el Nadador del Sargauth, un milenario y enorme aboleth. De momento están intentando aprender todo lo que pueden sobre la ciudad.
La Cofradía del Xanathar lleva siendo un peso clave dentro de la ciudad de Skullport desde hace años, pero sus operaciones abarcan mucho más y sus agentes suelen actuar en Aguas Profundas. De momento parece que los objetivos del Xanathar son eliminar cualquier poder que le pueda hacer frente. Uno de estos poderes que esta disputándole parte del poder al Xanathar son los Ladrones de las Sombras que recientemente han vuelto a la ciudad tras un largo exilio. De momento sus planes son ir poco a poco recuperando su poder y expandirse hasta recuperar el poder que tenían antaño.
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