El origen de los Señores de Aguas Profundas tiene lugar cuando Ahghairon depone al último de los Señores de la Guerra de Aguas Profundas y se instaura el nuevo sistema de los Señores. Desde entonces, apenas ha cambiado su estructura y solamente tras un intento por parte de los Caballeros del Escudo por infiltrarse en la ciudad, ha sido aumentado su número de forma secreta. Si antes eran 16, ahora son 20 los Señores de la ciudad. Para evitar que este cambio sea conocido, en la Cumbre del Escudo, donde se renueva el poder de los Señores, esos 4 Señores permanecen escondidos.
Los Señores levan capas y una máscara que disimulan sus rasgos de esta forma se aumenta la seguridad al no conocerse entre ellos y sobretodo hace que nadie sienta ningún tipo de presión al emitir sus juicios.
Desde su fundación el gobierno de los Señores solo ha habido un miembro que haya intentado usurpar el pode dentro de los mismo Señores y esta fue Kerrigan que en el año 1264 CV que consiguió eliminar a tres Señores hasta que Ahghairon la derrotó.
El otro momento de crisis del gobierno de los Señores fue a la muerte de Ahghairon, en el 1256 CV, cuando los Gremios se lanzaron a una disputa por el poder de la ciudad. Tras alzarse con el poder el Concilio de los Jefes de Gremio, dos de sus miembros, Lhorar y Zoar se convirtieron en los Dos Señores Maestros, en el año 1263 CV, iniciándose la época conocida como el Desgobierno de los Gremios que dura hasta el año 1273 CV cuando Baeron y Shilarn consiguieron restaurar el gobierno de los Señores de Aguas Profundas.
Desde entonces el gobierno de los Señores de Aguas Profundas se ha mantenido, pese a los múltiples intentos por parte de organizaciones y grupos por conseguir desbancarlos del poder dentro de la ciudad.
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