En un inicio los yuan-ti adoraban a la Serpiente del mundo, como sus amos sarrukh. La caída del imperio de Mhairsholk hizo que la adoración a al Serpiente del mundo se fragmentará. Desde ese momento los yuan-ti adoraron a diversos fragmentos de la Serpiente. Algunos cayeron en el olvido, otros, como el culto de Sseth, consiguieron sobrevivir.
Los dioses antiguos como Merrsholk, Ss'zhasine'ss y Vare siguen siendo populares entre los yuan-ti. Vare suele ser adorada por los yuna-ti puracasta que habitan en ciudades. Merrsholk suele ser adorado por los yuan-ti exiliados o viajeros.
La mayoría de los yuan-ti adoran a Sseth, una deidad que según sus mitos los creó y los ha dirigido desde entonces.Para los yuan-ti Sseth conoce todos los secretos y los va revelando poco a poco a sus fieles. Estos deben de ser capaces de usarlos para complacer al dios. Si logran hacerlos, Sseth los recompensa con más poder. Todos los yuan-ti deben de seguir la Sagrada Senda de Seeth, es decir, deben de manipular siempre desde las sombras en lugar de buscar la confrontación directa.
Lo que pocos yuan-ti saben es que desde la Era de los Trastornos es Set el que les proporciona conjuros. Durante la Era de los Trastornos Set aprisionó a Sseth y ha ido asumiendo el papel de todos los dioses que veneran los yuan-ti. Desde entonces sus seguidores reciben parte de las pesadillas del dios, haciendo que muchos de ellos se embarquen en misiones con el fin de descubrir que es lo que esta sucediendo con el dios.
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